Im Zentrum von Wegners Gestaltung stand stets das Material selbst. Seine Ausbildung zum Möbeltischler hatte ihm ein tiefes Verständnis für die Eigenschaften von Holz vermittelt. Statt dem Werkstoff eine bestimmte Form aufzuzwingen, machte er sich dessen natürliche Beschaffenheit zunutze. Mit grosser handwerklicher Raffinesse entwickelte er daraus geschwungene Konturen, präzise Verbindungen und Konstruktionen, die zugleich anspruchsvoll und zurückhaltend erscheinen.
Seine Entwürfe zeichnen sich durch eine besondere Balance aus: Klare, reduzierte Linien treffen auf organisch anmutende Formen, während sorgfältig ausgearbeitete Details den handwerklichen Anspruch erkennen lassen. Wegner interessierte sich nicht allein für die äussere Erscheinung eines Möbelstücks. Ebenso wichtig waren ihm dessen Funktion und die Art, wie Menschen damit interagieren. So entstanden Sitzmöbel, deren Gestaltung sowohl die konstruktiven Möglichkeiten des Materials als auch die Anforderungen an den täglichen Gebrauch berücksichtigt.
Eine zentrale Rolle spielte dabei seine enge Verbindung zum Tischlerhandwerk. Wegner verstand es, traditionelle Fertigungstechniken mit einer eigenständigen, zeitgemässen Gestaltung zu verbinden. Seine Möbel sollten nicht durch dekorative Elemente überzeugen, sondern durch ihre Konstruktion, ihre Proportionen und den bewussten Umgang mit natürlichen Materialien. Diese Haltung machte ihn zu einer der prägenden Persönlichkeiten jener Generation, die das internationale Ansehen des dänischen Designs entscheidend mitgestaltete.
Besonders bekannt wurde Wegner durch seine aussergewöhnliche Produktivität und seine zahlreichen Stuhlentwürfe. Im Laufe seines Lebens entwarf er nahezu 500 verschiedene Stühle, von denen viele als bedeutende Beispiele des modernen Möbeldesigns gelten. Hunderte seiner Arbeiten wurden tatsächlich produziert, zahlreiche Entwürfe sind bis heute Teil der Kollektionen renommierter Möbelhersteller.